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2023年1月2日 星期一

[實證] 文獻搜尋自動化利器 Abstrackr教學介紹

 


除了Rayyan之外,另一個免費、功能齊全的工具就是Abstrackr,是由布朗大學公共衛生學院開發的網站,提供線上的服務,協助多人協作文獻篩選跟後續決策步驟,能夠從不同資料庫匯入摘要,再進行篩選,跟一些月租或付費軟體相比,abstrackr註冊後,就能夠使用,對於沒有太多經費的人來說,是個不錯的選擇。

abstrackr 平台



主頁有三個頁籤

Quick tour: 可以快速瀏覽頁面

My work: 目前正在進行的專案

  • screen: 審查文章

  • review labels: 檢視已完成審查的文章

My project: 自行建立並管理專案

  • admin: 管理專案的協作者,進去後可指定協作者完成的數量
  • export: 輸出篩選的資料
  • conflicts: 重新審查有意見不同的研究
  • maybes: 重新審查不確定的研究
  • delete: 刪除專案



建立專案


在my project建立清單
  • Screen mode: 選擇單次或雙次瀏覽,單次是每篇摘要會被篩選一次,雙次是每篇摘要會被篩選兩次
  • Order abstracts by: 文章排序依照相關性、隨機排列
  • Pilot round size: 先了解不同協作者的判斷,固定前n篇文章使得所有協作者都先看,數字可以填0,就不做pilot
  • Tag visibility: 標籤對專案的其他成員是私有的,即只有專案負責人和使用者本人可以看到標籤。如果設定公開,則每個人都可以看到彼此的標籤




匯入文獻清單


有幾個匯入文獻的方式,匯入後系統會尋找文章標題、期刊、作者等資料,不過如果是手動匯入,需要自行輸入資料

  • RIS格式:適用於scopus/Embase資料庫
  • Pubmed PMID:適用於pubmed 資料庫,點選save,選擇PMID格式
  • Reference Manager 11/12 XML
  • 手動匯入:這比較麻煩,建議選擇前兩項方式


篩選文獻



左側功能鍵包括
  • Tag study:可以針對研究加上一些標籤
  • Edit tag: 編輯標籤內容



下方功能鍵
  • 勾勾:選入該文章
  • 問號:不確定
  • 叉叉:不選擇該文章
  • Term: 輸入關鍵字,可在文章中搜尋,依照不同按讚或倒讚標示不同顏色



右上方功能鍵
  • Review label:可以看目前篩選後的文章,1代表選入,0不確定,-1代表不選
  • Review terms: 可以看目前設置的key word,不同的按讚或倒讚,會用不同顏色標示,加速篩選速度




Abstrackr的優點


研究發現透過這樣的半自動化工具,能夠節省大約3-9個小時,也能夠減少6%遺漏的比例,另外有研究將Abstrackr跟DistillerSR 和 RobotAnalyst做比較,發現協助單一作者做篩檢工作時,在減少工作量跟節省時間上,優於免費的RobotAnalyst,且跟收費的DistillerSR相比,DistillerSR的優勢並不明顯





使用心得


跟Rayyan一樣,都是需要網路才能使用的平台,目前有免費版本,操作介面不算複雜,了解後上手快,不過在自動化的功能,Rayyan自動化分類的功能較強,大家可以選擇使用比較習慣的工具優化自己篩選文獻的速度。



延伸閱讀




參考文獻

  • Deploying an interactive machine learning system in an evidence-based practice center: abstrackr. In Proc. of the ACM International Health Informatics Symposium (IHI), p.819--824. 2012.
  • Performance and usability of machine learning for screening in systematic reviews: a comparative evaluation of three tools. Syst Rev. 2019 Nov 15;8(1):278.
  • The semi-automation of title and abstract screening: a retrospective exploration of ways to leverage Abstrackr's relevance predictions in systematic and rapid reviews. 2020 Jun 3;20(1):139. doi: 10.1186/s12874-020-01031-w.





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