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2022年12月29日 星期四

[實證] 系統性回顧文獻加速器 Systematic Review Accelerator(SRA)介紹





Systematic Review Accelerator(SRA)是一套半自動化的工具,用來加速系統性回顧的幾個步驟,包括文獻搜尋、篩選等,由Bond university提供,目前是免費的,可以註冊後使用,介紹幾個重要的功能


官方平台 Systematic Review Accelerator




Polyglot search translator(PST)


在完整的文獻搜尋步驟中,需要搜尋不同的資料庫去尋找合適的文獻,特別是系統性回顧、統合分析等研究類別,除了常用的Pubmed之外,還需要包括像Embase、Cochrane Library、CINAHL等資料庫,有時也需要搜尋其他專業類別的資料庫。


不同資料庫之間的搜尋原則遵守布林邏輯,但語法有時會略有不同,特別在關鍵字多的時候有時需要注意,而SRA中的Polyglot Search Translator(PST)的功能可以優化這個步驟,它可以將常見的Pubmed或Ovid medline的搜尋策略,轉換成不同資料庫的模式

  • Embase 
  • CINAHL 
  • Cochrane Library 
  • PsycINFO 
  • Scopus 
  • Web of Science


將PST轉換後的語法,再貼到不同的資料庫搜尋即可,要提醒的是,PST無法轉法將MeSH terms轉換成Emtree terms,所以使用者需要有基礎的資料庫搜尋能力


欄位中布林邏輯運算符號(例如 AND、OR)的顏色顯示為紫色,欄位標籤(例如 .ti.、ab. 或 [tiab])的顏色顯示為綠色,而藍色顯示表示需要解釋或警告,例如 [MeSH]會有一個藍色顯示


因為Cochrane使用MeSH terms,因此搜索字串不需要任何調整。它可以直接複製到Cochrane Library搜尋器。Embase搜索需要通過將MeSH terms轉換為Emtree terms來進行調整。所以建議複製MeSH terms,將他貼到Embase的Emtree搜索框中,如果Emtree terms與MeSH terms相同,不用進行任何更改。如果不同,需複製並將其貼到 PST中同個MeSH terms,依序做替換。 


Cochrane介紹過這個PST,另外根據2020這篇研究的資料,使用 PST方法搜索字串的平均時間為 31 分鐘,而手動方法為 45 分鐘,平均快了14 分鐘,每個數據庫搜索平均節省10分鐘,如果是複雜的搜尋可節省 100 分鐘。



另外PST方法的錯誤率更低,PST平均錯誤數為8.6,而手動方法為14.6。




Deduplicator (Deduplication Module)


可以將重複的研究刪除,減少篩選的工作量,Endnote也有類似的功能,要執行這個功能,需要將endnoe的XML檔案,或其他相關的nbib、ris檔案上傳,上傳後,Dedepulicator會將資料分為 4 組:

1.極有可能重複

2.極有可能重複

3.可能的重複項

4.非重複項

依不同程度的細節處理這些組,以完成重複資料的刪除


在2015年這篇研究中的幾個測試,SRA-DM的敏感性(84-90%)和特異性(100%)優於EndNote(靈敏度64-70%,特異性99%),與 EndNote 自動重複資料刪除相比,使用 SRA-DM 檢測到的重複記錄數量增加了 42.86%。



小小提醒

Systematic Review Accelerator提供不少方便的工具,每個人可以根據自己使用習慣去優化搜尋步驟,目前是免費的,不知道未來是否會有調整。另外因為使用SRA平台需要網路跟網頁瀏覽器,如果是非常大量的資料要記得存檔跟注意記憶體使用狀況。

p.s 實際每個搜尋策略與刪除原則還是要根據操作狀況,會跟研究略有不同



參考文獻

  • Improving the translation of search strategies using the Polyglot Search Translator: a randomized controlled trial. J Med Libr Assoc. 2020 Apr;108(2):195-207.
  • Better duplicate detection for systematic reviewers: evaluation of Systematic Review Assistant-Deduplication Module. Syst Rev. 2015 Jan 14;4(1):6.doi: 10.1186/2046-4053-4-6.


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